Um sub-domínio funciona como um sub-site dentro do site principal, e os arquivos que compõem este sub-site vão ficar dentro de um diretório/pasta com o mesmo nome do sub-domínio.
Exemplo: o seu site é www.meusite.com.br, e você criou um sub-domínio chamado "projeto". Portanto uma pasta/diretório será criada dentro do seu diretório com o mesmo nome do sub-dominio ("projeto" em /home/USUARIO/projeto.meusite.com.br), e a URL de acesso será http://projeto.meusite.com.br
Opcionalmente você pode criar um usuário de FTP com o mesmo nome do sub-domínio, e este usuário de FTP terá acesso somente aos arquivos do sub-domínio, e não a todo o site.
Para criar um novo sub-domínio:
1) Identifique-se no painel de controle do seu site;
2) Ao entrar no painel de controle (cPanel), clique no ícone "sub-dominios" (sub-domains)
3) Será exibida a tela de gerenciamento de sub-dominios, no primeiro campo informe o nome do sub-domínio, e logo ao lado (direito) você deve selecionar em qual domínio será criado o novo sub-dominio.
4) Cliquem em "ADICIONAR" (add).
Pronto, o novo sub-domínio foi configurado. Agora basta você subir para o servidor, para a pasta com o mesmo nome do sub-dominio, os arquivos desejados. Abra o seu navegador web e acesse http://nomedosubdominio.seudominio.com.br
